珠海临床网络药理学套路

    银黄清肺胶囊中14味中药之间均具有不同数目的共同靶标，说明它们之间可能具有某些协同或拮抗的相互作用关系；而且各味中药与银杏叶之间的共同靶标数均大于其总靶标数的50%，从一定程度上表明，银杏叶与其他各味中药之间的关联是比较紧密的。2PPI网络构建和分析在收集好药物靶标和与慢性相关靶标之后，基于PPI蛋白数据库的相互作用关系将靶标与靶标之间的相互作用关系对提取出来，进行了网络构建。根据各个节点的拓扑结构特征值进行筛选，选取了“连接度”等拓扑值大于2倍中位数的节点作为关键靶标，并进行通路富集分析，筛选出参与慢支病理过程的关键通路。结果发现，关键药物靶标主要参与到炎症-免疫相关通路，其次是神经调节相关通路，是参与调控平滑肌收缩功能。将关键靶标对应的药材以及相应的通路进行网络构建，如下图所示。通过对上述靶标分子主要参与的炎症-免疫相关通路的分析，发现相关关键靶标特别富集于Asthma通路。而富集于这条通路上的药物靶标分子EPX,FCER1G,IL3,IL5和已知与慢性密切相关的靶标分子CCL11,IL4,IL13,IL10被认为是关键调控因子。通过对大量与慢性病理环节相关的文献的调研。可以发现这些分子在疾病发作过程中都扮演着非常重要的角色。比如。网络药理学的研究过程需要接触大量的数据库和专业网站。珠海临床网络药理学套路

靶点富集分析：DAVID、Metascape等工具的使用方法及结果解析,代谢组学结果的通路富集分析2.基于基因表达谱数据用CMAP分析药物作用机制第二天：网络药理学实用技能、研究案例、基金申请（一）网络构建、分析、美化:Cytoscape软件的详细讲解（上机实践）1.靶标网络、疾病网络构建和分析2.药物-靶标相互作用网络构建和分析3.药物-靶标-通路网络的构建和分析4.代谢物网络的构建与分析5.网络拓扑特征的计算；网络拓扑指标的含义；重要节点识别；模块分解；网络可视化和美化；Cytoscape插件的安装和使用等（二）网络药理学常用图形绘制维恩图、通路富集图等的绘制（三）网络药理学研究案例详细解读若干篇SCI论文和博士论文的研究思路和研究方法一步一步地带领大家分析一个复方（四）网络网络药理学的基金申请和项目设计备注：自带笔记本电脑，安装WINDOWSExcel2010等软件。 珠海临床网络药理学套路如何去挖掘成分-靶点、靶点-疾病、靶点-信号通路之间的关系？并绘制网络关系图？

现代基因组学、蛋白质组学、代谢组学等“组学”的发展，以及系统生物学视角的引入、创新的生物信息学工具的研究开发，极大地促进了对于药物作用机制(Mechanism of Action, MOA)的研究，并发展出一系列标志性的、创新的研究范式(paradigm)。现代化学生物学(chemical biology)的发展，积累了海量的关于小分子化合物的细胞学筛选结果，其对细胞的作用机制的刻画达到了前所未有的水平。例如，由美国麻省理工学院和哈佛大学Broad研究院完成的Connectivity Map项 目，利用基因芯片技术测量了多种药物作用于人类细胞后引起的基因表达变化图谱，并形成一个统一的参考数据库。

应警惕肺纤维化等后遗症的出现[5,6]。《北京市恢复期中医康复指导建议（试行）》指出针对此类肺部炎症吸收不良或存在肺部机化的患者，可随证使用补肺胶囊，加速患者康复。动物实验结果表明，补肺胶囊可降低α和IL-6的含量，改善肺组织炎性损伤，还可抑制LPS和烟雾诱导的大鼠气道壁的杯状细胞化生，改善大鼠气道壁胶原沉积[7,8]。此外，多项临床研究表明补肺胶囊可改善临床支气管患者和煤工尘肺病人的临床症状和血气指标，增强患者肺功能等[9,10]。由此可见，补肺胶囊可减轻肺组织的炎症反应，改善患者体征，促进患者康复。本研究采用网络药理学对补肺胶囊中的化学成分进行研究，利用SwissTargetPrediction数据库进行靶点预测，结合TCMSP和CTD等数据库得到活性成分的作用靶点，再通过PPI分析筛选得到靶点，构建药材-活性成分-靶点网络，对靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析，探讨补肺胶囊促进患者康复的活性成分和作用机制。补肺胶囊的化学组成主要包括黄酮类、酚类、单萜类、香豆素类和皂苷类化合物，具有多种生物学活性。本研究发现补肺胶囊中发挥药效作用的关键物质包括：葛根素、大豆黄酮、原花青素B2、鞣花酸和没食子酸等。网络药理学是基于系统生物学的理论，对生物系统的网络分析。

    近年来国际上倾向于用多靶点药物复杂疾病，中药复方因其多成分、多靶点的特点在国际医学界及药物发现领域获得了较高的关注,成为中药现代化的重要机遇。国家在中药研究方面也有很大力度的投入和支持，中药复方的研究已成为近年来研究的热点和国家自然基金重点扶持的领域。然而，由多种天然产物配伍而成的中药复方，存在成分复杂、靶点和机制不清的问题，其研究难度很大，尤其是在SCI论文发表过程中难以获得认可。将网络药理学应用于中药复方研究，打破了传统的中药复方机制研究的瓶颈，使得原先难以定性的机制得以预测和验证。作为临床医生、科研人员和硕博士研究生，尤其是没有生物信息学分析基础和网络药理学基础的初学者，面对自己实验获得的大量错综复杂的基因组学、蛋白质组学数据时，难免会无从下手分析。不知道如何去解析一个中药复方的作用机制，如何去挖掘成分-靶点之间的关系，如何将药物作用机制和疾病机制相关联？如何利用的数据挖掘，为自己的中药复方研究增添亮点？如何利用生物信息学技术，解析中药复方作用机制？本次学习班将邀请长期从事网络药理学研究的专业人士,结合个人实践经验,带领广大学员，共同学习将网络药理学的研究方法用于中药复方研究。如何利用生物信息学的方式解析中药复方/单体的作用机制，把疾病-药物-机制三者关联在一起？珠海临床网络药理学套路

如何利用GEO等数据库。珠海临床网络药理学套路

网络药理学（networkpharmacology[1]）从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病的发展过程、从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。2007年英国Dundee大学、药理学家AndrewL.Hopkins[1]率先提出了此概念，之后，"网络药理学"被迅速应用于众多领域的研究中，显示出重要的理论和实际应用价值。网络药理学的是“网络靶标”。网络靶标被“国际千名医学家”（F1000）推荐为药理学必读论文。网络靶标是指生物网络中，能够机制性关联药物和疾病，并定量表示药物整体调节作用机理的网络关键环节，包括关键分子、关键通路或关键模块等。珠海临床网络药理学套路

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